Secara geologi, wilayah
Indonesia modern (untuk kemudahan, selanjutnya disebut
Nusantara) merupakan pertemuan antara tiga lempeng benua utama:
Lempeng Eurasia,
Lempeng Indo-Australia, dan
Lempeng Pasifik (lihat artikel
Geologi Indonesia). Kepulauan Indonesia seperti yang ada saat ini terbentuk pada saat melelehnya
es setelah berakhirnya
Zaman Es, hanya 10.000 tahun yang lalu.
Replika tempurung kepala manusia Jawa yang pertama kali ditemukan di Sangiran
Pada masa
Pleistosen, ketika masih terhubung dengan
Asia Daratan, masuklah pemukim pertama. Bukti pertama yang menunjukkan penghuni pertama adalah fosil-fosil
Homo erectus manusia Jawa dari masa 2 juta hingga 500.000 tahun lalu. Penemuan sisa-sisa "manusia Flores" (
Homo floresiensis) di
Liang Bua,
Flores, membuka kemungkinan masih bertahannya
H. erectus hingga masa
Zaman Es terakhir.
Homo sapiens pertama diperkirakan masuk ke Nusantara sejak 100.000 tahun yang lalu melewati jalur pantai
Asia dari Asia Barat, dan pada sekitar 50.000 tahun yang lalu telah mencapai Pulau Papua dan Australia. Mereka, yang berciri
rasial berkulit gelap dan berambut ikal rapat (
Negroid), menjadi nenek moyang penduduk asli
Melanesia (termasuk
Papua) sekarang dan membawa kultur kapak lonjong (
Paleolitikum). Gelombang pendatang ber
bahasa Austronesia dengan kultur
Neolitikum datang secara bergelombang sejak 3000 SM dari Cina Selatan melalui
Formosa dan
Filipina membawa kultur beliung persegi (
kebudayaan Dongson). Proses migrasi ini merupakan bagian dari
pendudukan Pasifik. Kedatangan gelombang penduduk berciri
Mongoloid ini cenderung ke arah barat, mendesak penduduk awal ke arah timur atau berkawin campur dengan penduduk setempat dan menjadi ciri fisik penduduk
Maluku serta
Nusa Tenggara. Pendatang ini membawa serta teknik-teknik
pertanian, termasuk bercocok tanam
padi di
sawah (bukti paling lambat sejak abad ke-8 SM), be
ternak kerbau, pengolahan
perunggu dan
besi, teknik
tenun ikat, praktek-praktek
megalitikum, serta pemujaan roh-roh (
animisme) serta benda-benda keramat (
dinamisme). Pada abad pertama SM sudah terbentuk pemukiman-pemukiman serta kerajaan-kerajaan kecil, dan sangat mungkin sudah masuk pengaruh kepercayaan dari
India akibat hubungan perniagaan